FIN DEL PAIS DE LA CANELA
Después de la destrucción de Sevilla de Oro el feroz Quirruba conoció de la traición de los indios Huamboyas y ordenó su exterminio en algunos caseríos aledaños a la zona, pero éstos se comunicaron el peligro con tambores y lograron internarse en lo más espeso de las selvas de donde jamás volvieron a salir. Se piensa que de todas maneras pudieron haber sido exterminados por los Jíbaros del Napo, aunque otros opinan que las inclemencias del tiempo y las profundidades boscosas redujeron la tribu a solo algunos cientos y dan como prueba que de tiempo en tiempo y hasta mediados del siglo pasado, aparecía uno que otro miembro de esta tribu en las ferias de Riobamba, con productos manufacturados y objetos de cerámica y artesanía, que cambiaban por instrumentos metálicos de caza y de labranza, volviendo al interior tan misteriosamente como habían salido.

De todas maneras la insurrección de Quirruba en 1599 terminó con el gobierno de Quijos y aunque el de Macas no fue atacado, vio disminuida su población por efecto del pánico; pues, sus gentes, desprotegidas y a merced de los indios, prefirieron habitar en Quito, Tacunga y Riobamba, a donde viajaron con las faltriqueras bien provistas de pepitas de oro y no regresaron jamás. En el Oriente quedaron las villas y ciudades reducidas a simples caseríos o anexos como Mazpa y Papallacta. La Villa de Avila se desmembró en parroquias de no más de veinte familias cada una llamadas Concepción, Cotapino, Santa Rosa, San Salvador, Loreto y Mote. La villa de Archidona languideció por más de un siglo hasta que los Jesuitas la convirtieron en "puerta de entrada al Oriente, con nuevos edificios de calicanto, murallas de piedra y cómodas bodegas para abastecer las Misiones del Marañón”. En 1743 los Jesuitas trasladaron Archidona, del pésimo sitio en que habíanla fundado a otro más elevado e higiénico, para entonces contaba con setecientos blancos y numerosos indios, suma no escasa si consideramos que Guayaquil no pasaba de las ocho mil personas; pero con la expulsión en 1767 volvió a quedar abandonada como simple caserío, subsistiendo con Tena, Misaguallí y Puerto Napo sobre el río de ese nombre.

En 1753 se había creado el gobierno de Napo desmembrándolo de la Tenencia de Macas, pues los Jesuitas deseaban convertir la zona norte de la amazonía en zona aparte por estar próxima a Quito y fundaron los puertos de Napo y Jesús como capitales, según las estaciones seca o lluviosa.

Dentro de este gobierno funcionaron las siguientes misiones con características parecidas a las del Paraguay, a saber: Archidona, Tena, Misagualli y Napo que tenían por finalidad servir de tambos entre Quito y Capucay. Otras Misiones de interés fueron Trinidad de Capucay para los indios Encabellados; San Miguel de Zicollas para los Zicollas; Jesús de Guencoyas para los Guencoyas; María de Guencoyas y Ancúteros para los indios Guencoyas y Ancúteros; San Javier de Ichahuates para los Ichahuates y San Pedro Apóstol de Guanco de Payaguas para los Payaguas.

Hacia el sur estaba la Tenencia de Yaguarzongo lindando con los Corregimientos de Loja y Piura sobre tierras de indios Pacamurus y Yaguarzongos; estos últimos habían sido aliados de Atahualpa en sus guerras contra Huáscar, luego prestaron su contingente a los Conquistadores desde 1548 que se fundó Zamora entre los ríos Yancuambi y Zamora, considerada la mejor ciudad del Oriente pues sus muros eran de adobe y piedra.

En 1550 se fundaron los reales asientos de oro de Cangasa en el río Iraviza y de Yancuambi sobre el de ese nombre. Igualmente la ciudad de Santiago de la Montaña al extremo oriental y cerca del famoso Pongo o Cascada del río Manseriche, donde el Capitán Juan de Salinas y Loyola perdió el oro que traía desde los pajonales del río Ucayali cerca del Cusco, siguiendo por los numerosos afluentes del Marañón.

Al sur de estas regiones estaba la provincia de los Indios Pacamurus que habían derrotado a Huayna Capac en el siglo XIV impidiéndole la entrada al Oriente. Tenían por capital al poblado de Cumbinamá, residencia del régulo, que ya no existe.

En 1541 los españoles fundaron Valladolid sobre el río Chinchipe, un año después Loyola sobre el río Vergel y el señorío, asiento y real sitio de minas de San José sobre el río Francisco.

En 1557 se declaró capital de Yaguarzongo a la ciudad de Zamora pero se la abandonó en 1599 por la sublevación Jíbara. Por entonces contaba con iglesia y convento de los padres Dominicanos y monasterio de las Carmelitas descalzas. La ciudad era toda de piedra y volvió a poblarse una vez pasado el peligro, a pesar que los indios Jíbaros y Yaguarzongos la habían incendiado.

Después se vio la imposibilidad dé volver a colonizar la zona y la Tenencia de Zamora fue agregada al Corregimiento de Loja, quedando de simple gobernación o señorío y con el nombre de Yaguarzongo. El resto de la extensa provincia de los Pacamurus pasó a depender del Corregimiento de Jaén, que llamó por eso Jaén de Pacamurus y luego Jaén de Bracamoros por corrupción fonética.

A mediados del siglo XVII poco o nada quedaba del fabuloso país de la Canela que pobló Gonzalo Díaz de Pineda en 1536, con miras a la comercialización del Ishpingo que tan buenos precios tenía en Europa.